Principiantes

Recursos basicos antes del curso

Si empiezas desde cero con Linux y Python, estos recursos te daran la base minima para seguir el curso con comodidad.

Linux command line

• Tutorial oficial de Ubuntu para iniciarse en la terminal: https://ubuntu.com/tutorials/command-line-for-beginners#1-overview

Objetivo recomendado:

• Aprender a moverte por directorios (pwd, ls, cd)
• Crear, copiar y mover archivos (mkdir, cp, mv, rm)
• Entender permisos basicos y como ejecutar comandos

Python basics

• Curso introductorio de DataCamp: https://www.datacamp.com/courses/intro-to-python-for-data-science

Objetivo recomendado:

• Variables, tipos de datos y listas
• Condicionales y bucles
• Funciones basicas
• Importacion de librerias (import numpy as np, etc.)

Jupyter Notebook

• Guia de instalacion de Jupyter Notebook (DataCamp): https://www.datacamp.com/tutorial/installing-jupyter-notebook

Instalacion recomendada con conda:

conda install -c conda-forge jupyterlab notebook

Para iniciar:

jupyter lab

Programas de visualizacion molecular

UCSF ChimeraX / Chimera

Recomendado: ChimeraX (mas moderno que Chimera clasico).

• Descarga: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/download.html
• Ayuda de instalacion: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/install.html

En Ubuntu (via archivo descargado):

chmod +x chimerax-*.AppImage
./chimerax-*.AppImage

Para Chimera clasico:

• https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html

VMD

• Descarga oficial: https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD
• Notas de instalacion: https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD

Instalacion tipica en Linux (despues de descargar el .tar.gz):

tar -xzf vmd-*.tar.gz
cd vmd-*/vmd-*/src
./configure
cd ../..
make install

PyMOL

Opcion simple con conda (recomendada):

conda install -c conda-forge pymol-open-source

Para ejecutar:

pymol

Otras opciones:

• Open-source: https://github.com/schrodinger/pymol-open-source
• Version comercial (Schrodinger): https://pymol.org/

Sugerencia de comprobacion rapida

Despues de instalar, comprueba que arrancan:

chimerax --help
vmd -h
pymol -cq

Si algun comando no existe, revisa el PATH o las instrucciones del paquete descargado.