QIEP
QiEP · Curs 2025-2026
Pràctiques del curs 2025-2026
El curs 2025-2026 incorpora dues pràctiques principals dins l'assignatura de Química i Enginyeria de Proteïnes. Des d'aquesta pàgina podeu accedir a la informació específica de cada pràctica, incloent-hi objectius, desenvolupament, temporització i criteris d'avaluació.
Pràctica 1
Anàlisi de la relació seqüència-estructura-funció d'una proteïna problema amb ChimeraX, PDB i eines de bioinformàtica estructural.
Pràctica 2
Exploració de mètodes d'enginyeria de proteïnes, amb especial atenció a l'evolució dirigida i al disseny de protocols experimentals i computacionals.
Documents de suport
Bibliografia comuna
- Meng EC. et al. UCSF ChimeraX: Tools for structure building and analysis. Protein Sci 2024;33:e4792. https://doi.org/10.1002/pro.4792
- The UniProt Consortium. UniProt: the Universal Protein Knowledgebase in 2025. Nucleic Acids Res 2025;53:D609-D617. https://doi.org/10.1093/nar/gkae1010
- Jeske L. et al. BRENDA, the ELIXIR core data resource in 2021: new developments and updates. Nucleic Acids Res 2021;49:D498-D508. https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1025
- Jumper J. et al. Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold. Nature 2021;596:583-589. https://doi.org/10.1038/s41586-021-03819-2
- Varadi M. et al. AlphaFold Protein Structure Database in 2024: providing structure coverage for over 214 million protein sequences. Nucleic Acids Res 2024;52:D368-D375. https://doi.org/10.1093/nar/gkad1011
- Waman VP. et al. CATH 2024: CATH-AlphaFlow doubles the number of structures in CATH and reveals nearly 200 new folds. J Mol Biol 2024;436:168551. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2024.168551
- Schaeffer RD. et al. ECOD: integrating classifications of protein domains from experimental and predicted structures. Nucleic Acids Res 2025;53:D411-D418. https://doi.org/10.1093/nar/gkae1029
- Fox NK, Brenner SE, Chandonia JM. SCOPe: improvements to the structural classification of proteins: extended database to facilitate variant interpretation and machine learning. Nucleic Acids Res 2022;50:D553-D559. https://doi.org/10.1093/nar/gkab1054
- Arnold FH. Innovation by evolution: bringing new chemistry to life. Nobel Lecture, 2018. https://www.nobelprize.org/prizes/chemistry/2018/arnold/lecture/
- Mahendran KR. et al. A primer to directed evolution: current methodologies and future directions. RSC Chem Biol 2023;4:1-23. https://doi.org/10.1039/D2CB00231K