RA95.5-8F: retro-aldolasa dissenyada

Grup F · Química i Enginyeria de Proteïnes 2025-2026

Seqüència problema

Aquesta és la cadena aminoacídica analitzada. La identificació de la proteïna o del constructe es fa a partir d’aquesta seqüència, i totes les correspondències amb UniProt, PDB, CATH/ECOD o AlphaFold s’han d’interpretar en relació amb aquesta numeració.

>JC F | 2025-2026 | seqüència problema
MPRYLKGWLEDVVQLSLRRPSVHASRQRPIISLNERILEFNKRNITAIIAYYLRKSPSGLDVERDPIEYAKYMEPYAVGL
SIKTEEKYFDGSYEMLRKIASSVSIPILMNDFIVKESQIDDAYNLGADTVLLIVEILTERELESLLEYARGYGMEPLILI
NDENDLDIALRIGARFITIYSMNFETGEINKENQRKLISMIPSNVVKVPLLDFFEPNEIEELRKLGVNAFMISSSLMRNP
EKIKELIEGSLEHHHHHH

Seqüència extreta del fitxer FASTA oficial de selecció 2025-2026. Longitud: 258 aminoàcids.

Identificació i estructura de referència

La seqüència anterior defineix la molècula analitzada i evita confondre el nom abreujat del sistema amb una proteïna natural completa. La cerca a RCSB PDB proporciona com a estructura de referència 5AN7 entitat 1, amb cobertura de la seqüència 100.0%, identitat 100.0% i resolució 1.1 Å. La longitud de la seqüència analitzada és de 258 aminoàcids. Registre UniProt candidat Q06121 (indole-3-glicerol fosfat sintasa), vinculat a l’entitat PDB recomanada. Gen: trpC.

Camp	Valor
UniProt / gen	Q06121; gen: trpC
EC / BRENDA	4.1.1.48. Consulteu BRENDA a partir del número EC indicat.
Estructura principal	5AN7 entitat 1; difracció de raigs X, 1.1 Å
Cobertura i identitat	100.0% de cobertura; 100.0% d’identitat
Dominis i plegament	bastida de barril TIM/aldolasa de classe I, CATH 3.20.20.70, remodelada per activitat retro-aldolasa
Estructura secundària i lectura ChimeraX	làmina β: 1, hèlix: 12, regions no assignades: 1; exemples: làmina β 48-52, 230-232, 206-211, 176-179, 157-160, 129-133, 107-110, 79-83, 48-52; hèlix 6-18; hèlix 32-44; hèlix 65-74; hèlix 92-101; hèlix 115-126; hèlix 135-137; hèlix 138-152
Lligands o cofactors a revisar	No s’han identificat lligands no polimèrics en aquesta entrada PDB; els pèptids, cadenes associades o socis polimèrics s’han de revisar per separat.
Trets de constructe	etiqueta d’histidines 253-258 (HHHHHH)

Funcionalment, RA95.5-8F és una retro-aldolasa dissenyada sobre una bastida d’indole-3-glicerol fosfat sintasa. La funció natural IGPS/trpC i l’EC 4.1.1.48 són context de la bastida, no la funció principal del constructe evolucionat. 5AN7 és la coincidència exacta de la seqüència assignada. El context IGPS/trpC descriu la bastida evolutiva, però la identitat del constructe és una retro-aldolasa dissenyada.

Paràmetre	Valor
Proteïna o constructe	RA95.5-8F
Estructura de referència	5AN7
Longitud	258 aa
Trets rellevants	His 253-258; barril TIM

Arquitectura molecular

La proteïna adopta un barril TIM, amb làmines β internes i hèlixs externes. Aquesta arquitectura és compatible amb cavitats catalítiques profundes i apareix repetidament en disseny d’enzims.

Figura 1 del grup F — **Figura 1.** RA95.5-8F: vista global del plegament.

Figura 2 del grup F — **Figura 2.** RA95.5-8F: elements d’estructura secundària.

Lloc funcional i mecanisme

La funció rellevant és la reacció retro-aldòlica dissenyada. La cavitat catalítica no s’ha d’interpretar com a centre actiu d’IGPS, sinó com una reprogramació química sobre una bastida TIM.

**Figura.** Estructura 5AN7 de RA95.5-8F, retro-aldolasa dissenyada sobre bastida TIM. Font: RCSB PDB 5AN7.

La interpretació estructural i funcional d’aquest sistema es pot situar en el context de la literatura experimental corresponent (Obexer et al., 2017).

Figura 3 del grup F — **Figura 3.** RA95.5-8F: regió funcional o cavitat principal.

Figura 4 del grup F — **Figura 4.** RA95.5-8F: superfície molecular.

Modificacions i variants

RA95.5-8F és un constructe evolucionat; no s’hi han d’importar variants o modificacions posttraduccionals de la IGPS natural sense alineament. Les mutacions rellevants són les que remodelen la cavitat retro-aldolasa i cal discutir-les segons la numeració del PDB 5AN7.

Relació seqüència-estructura-funció

La relació seqüència-estructura-funció requereix separar residus conservats de la bastida, mutacions de disseny i residus directament implicats en la cavitat catalítica.

Figura 5 del grup F — **Figura 5.** RA95.5-8F: contactes amb lligands o cofactors.

Figura 6 del grup F — **Figura 6.** RA95.5-8F: interfície o estat oligomèric.

Figura 7 del grup F — **Figura 7.** RA95.5-8F: detall de residus rellevants.

Figura 8 del grup F — **Figura 8.** RA95.5-8F: representació complementària del model.

Figura 9 del grup F — **Figura 9.** RA95.5-8F: vista global del plegament.

Figura 10 del grup F — **Figura 10.** RA95.5-8F: elements d’estructura secundària.

Referències

Obexer, R. et al. (2017). Emergence of a catalytic tetrad during evolution of a highly active artificial aldolase. Nature Chemistry. doi: 10.1038/nchem.2596.