KE07: eliminasa de Kemp dissenyada

Grup I · Química i Enginyeria de Proteïnes 2025-2026

Seqüència problema

Aquesta és la cadena aminoacídica analitzada. La identificació de la proteïna o del constructe es fa a partir d’aquesta seqüència, i totes les correspondències amb UniProt, PDB, CATH/ECOD o AlphaFold s’han d’interpretar en relació amb aquesta numeració.

>JC I | 2025-2026 | seqüència problema
MALAKRIDAALIMKDGRVVKGSNFENLRDSGDPVELGKFYSEIGIDELSFWDITASVEKRKTMLELVEKVAEQIDIPFTV
GGGIHDFETASELILRGADKVEINTAAVENPSLITQIAQTFGSQAVVVYIAAKRVDGEFMVFTYSGKKNTGILLRDWVVE
VEKRGAGEIVLGSIDRLGTKSGYDTEMIRFVRPLTTLPIIAHRGAGKMEHFLEAFLAGADAAKADSVFHFREIDVRELKE
YLKKHGVNVRLEGLGSLEHHHHHH

Seqüència extreta del fitxer FASTA oficial de selecció 2025-2026. Longitud: 264 aminoàcids.

Identificació i estructura de referència

La seqüència anterior defineix la molècula analitzada i evita confondre el nom abreujat del sistema amb una proteïna natural completa. La cerca a RCSB PDB proporciona com a estructura de referència 6C7M entitat 1, amb cobertura de la seqüència 100.0%, identitat 100.0% i resolució 1.45 Å. La longitud de la seqüència analitzada és de 264 aminoàcids. No s’ha trobat cap referència UniProt directa per a la millor entitat PDB; la seqüència s’ha de tractar com a constructe o proteïna de disseny si no hi ha una cerca addicional que en justifiqui una assignació natural.

Camp	Valor
UniProt / gen	cap registre UniProt directe per al constructe; gen: no anotat o no aplicable
EC / BRENDA	no assignat
Estructura principal	6C7M entitat 1; difracció de raigs X, 1.45 Å
Cobertura i identitat	100.0% de cobertura; 100.0% d’identitat
Dominis i plegament	bastida de barril TIM/aldolasa de classe I, CATH 3.20.20.70, remodelada per a l’eliminació de Kemp
Estructura secundària i lectura ChimeraX	làmina β: 2, hèlix: 12, regions no assignades: 1; exemples: làmina β 17-18, 6-14, 47-52, 78-81, 100-103, 126-135, 138-143, 148-153; làmina β 17-18, 6-14, 221-224, 199-202, 168-173, 126-135, 138-143, 148-153; hèlix 32-44; hèlix 55-74; hèlix 86-97; hèlix 104-110; hèlix 111-122; hèlix 154-165
Lligands o cofactors a revisar	No s’han identificat lligands no polimèrics en aquesta entrada PDB; els pèptids, cadenes associades o socis polimèrics s’han de revisar per separat.
Trets de constructe	etiqueta d’histidines 259-264 (HHHHHH)

Funcionalment, KE07 és una eliminasa de Kemp dissenyada. No té una funció natural de genoma; el mecanisme s’ha d’explicar a partir dels residus introduïts, la cavitat catalítica i la literatura de disseny enzimàtic. 6C7M és la coincidència exacta de KE07. 8S8S pot usar-se com a homòleg estructural proper, però la identitat i la funció de la seqüència assignada corresponen a KE07.

Paràmetre	Valor
Proteïna o constructe	Kemp eliminase KE07
Estructura de referència	6C7M
Longitud	264 aa
Trets rellevants	His 259-264; barril TIM

Arquitectura molecular

El plegament és compatible amb un barril TIM. La cavitat central permet situar residus dissenyats que orienten el substrat de la reacció de Kemp.

Figura 1 del grup I — **Figura 1.** Kemp eliminase KE07: vista global del plegament.

Figura 2 del grup I — **Figura 2.** Kemp eliminase KE07: elements d’estructura secundària.

Lloc funcional i mecanisme

L’eliminació de Kemp requereix orientar el substrat i facilitar una transferència de protó. En KE07, la funció s’explica a partir d’un microambient catalític artificial construït dins la bastida.

**Figura.** Estructura 6C7M de KE07, eliminasa de Kemp dissenyada. Font: RCSB PDB 6C7M.

La interpretació estructural i funcional d’aquest sistema es pot situar en el context de la literatura experimental corresponent (Hong et al., 2018).

Figura 3 del grup I — **Figura 3.** Kemp eliminase KE07: regió funcional o cavitat principal.

Figura 4 del grup I — **Figura 4.** Kemp eliminase KE07: superfície molecular.

Modificacions i variants

No hi ha un registre UniProt natural directe associat a la millor entitat PDB. En aquest cas no és correcte importar modificacions posttraduccionals o variants d’una proteïna natural sense un alineament explícit; les variants rellevants són les pròpies del disseny, de la interfície o del centre funcional definit a la publicació estructural.

Relació seqüència-estructura-funció

La comparació 6C7M-8S8S és útil només si es conserva el remapeig de numeració. Els residus funcionals s’han de discutir sobre KE07; l’homòleg ajuda a contextualitzar el plegament.

Figura 5 del grup I — **Figura 5.** Kemp eliminase KE07: contactes amb lligands o cofactors.

Figura 6 del grup I — **Figura 6.** Kemp eliminase KE07: interfície o estat oligomèric.

Figura 7 del grup I — **Figura 7.** Kemp eliminase KE07: detall de residus rellevants.

Figura 8 del grup I — **Figura 8.** Kemp eliminase KE07: representació complementària del model.

Figura 9 del grup I — **Figura 9.** Kemp eliminase KE07: vista global del plegament.

Figura 10 del grup I — **Figura 10.** Kemp eliminase KE07: elements d’estructura secundària.

Referències

Hong, N. S. et al. (2018). The evolution of multiple active site configurations in a designed enzyme. Nature Communications. doi: 10.1038/s41467-018-06305-y. L’origen del disseny KE és Röthlisberger, D. et al. (2008), doi: 10.1038/nature06879.