Regulador PadR/LmrR amb domini hèlix alada

Grup L · Química i Enginyeria de Proteïnes 2025-2026

Seqüència problema

Aquesta és la cadena aminoacídica analitzada. La identificació de la proteïna o del constructe es fa a partir d’aquesta seqüència, i totes les correspondències amb UniProt, PDB, CATH/ECOD o AlphaFold s’han d’interpretar en relació amb aquesta numeració.

>JC L | 2025-2026 | seqüència problema
MAEIPKEMLRAQTNXILLNVLKQGDNYVYGIIKQVKEASNGEMELNEATLYTIFKRLEKDGIISSYWGDESQGGRRKYYR
LTEIGHENMRLAFESWSRVDKIIENLEANKKSEAIKSRWSHPQFEK

Seqüència extreta del fitxer FASTA oficial de selecció 2025-2026. Longitud: 126 aminoàcids. Posicions amb residu ambigu o no estàndard: 15.

Identificació i estructura de referència

La seqüència anterior defineix la molècula analitzada i evita confondre el nom abreujat del sistema amb una proteïna natural completa. La cerca a RCSB PDB proporciona com a estructura de referència 6I8N entitat 1, amb cobertura de la seqüència 100.0%, identitat 100.0% i resolució 1.79 Å. La longitud de la seqüència analitzada és de 126 aminoàcids. Registre UniProt candidat A2RI36 (regulador transcripcional de la família PadR/LmrR, cobertura de l’entitat 92, 1%). El gen no apareix anotat al registre recuperat; cal separar l’anotació natural de l’ús com a bastida de disseny.

Camp	Valor
UniProt / gen	A2RI36; gen: no anotat o no aplicable
EC / BRENDA	no assignat
Estructura principal	6I8N entitat 1; difracció de raigs X, 1.79 Å
Cobertura i identitat	100.0% de cobertura; 100.0% d’identitat
Dominis i plegament	dímer regulador de tipus hèlix alada, CATH 1.10.10.10; bastida LmrR/PadR amb residu no canònic en el centre funcional
Estructura secundària i lectura ChimeraX	làmina β: 1, hèlix: 4, regions no assignades: 1; exemples: làmina β 26-27, 77-81, 63-67; hèlix 5-24; hèlix 28-39; hèlix 46-60; hèlix 82-111; regions no assignades 1-4, 25, 40-45, 61-62, 68-76, 112-126
Lligands o cofactors a revisar	No s’han identificat lligands no polimèrics en aquesta entrada PDB; els pèptids, cadenes associades o socis polimèrics s’han de revisar per separat.
Trets de constructe	etiqueta Strep-II 119-126 (WSHPQFEK); residus no canònics: [15]

Funcionalment, LmrR/PadR és un regulador dimèric de tipus hèlix alada. En aquesta entrada cal separar la funció reguladora natural d’unió a DNA o lligands de l’ús com a bastida de disseny amb aminoàcid no canònic. 6I8N cobreix tota la seqüència assignada. La proteïna s’inscriu en la família PadR-like; l’etiqueta Strep-tag II final es diferencia del domini funcional.

Paràmetre	Valor
Proteïna o constructe	PadR/LmrR
Estructura de referència	6I8N
Longitud	126 aa
Trets rellevants	Strep-tag II 119-126; domini d’unió al DNA

Arquitectura molecular

El domini principal és de tipus hèlix alada, amb hèlixs de reconeixement i elements beta que contribueixen a la interacció amb DNA. La dimerització és part del context funcional de molts reguladors d’aquesta família.

Figura 1 del grup L — **Figura 1.** PadR/LmrR: vista global del plegament.

Figura 2 del grup L — **Figura 2.** PadR/LmrR: elements d’estructura secundària.

Lloc funcional i mecanisme

La funció molecular és reguladora: unió a DNA i modulació de transcripció, amb possibles efectes de lligands segons l’homologia amb LmrR. Les afirmacions sobre cavitats o lligands s’han de vincular a l’estructura o a l’homòleg corresponent.

**Figura.** Estructura 6I8N del regulador PadR-like amb domini hèlix alada. Font: RCSB PDB 6I8N.

La interpretació estructural i funcional d’aquest sistema es pot situar en el context de la literatura experimental corresponent (Mayer et al., 2019).

Figura 3 del grup L — **Figura 3.** PadR/LmrR: regió funcional o cavitat principal.

Figura 4 del grup L — **Figura 4.** PadR/LmrR: superfície molecular.

Modificacions i variants

En LmrR/PadR, els punts funcionals són els residus de la interfície dimèrica, el domini hèlix alada i el residu no canònic emprat en el disseny. Les posicions d’unió anotades a UniProt/PDB s’han de remapar a la numeració del constructe 6I8N abans de relacionar-les amb DNA, lligands o catàlisi artificial.

Relació seqüència-estructura-funció

La seqüència es llegeix separant el domini hèlix alada, les posicions potencialment implicades en DNA i el tram final d’etiqueta. Aquesta frontera evita interpretar l’etiqueta com a part de la funció reguladora.

Figura 5 del grup L — **Figura 5.** PadR/LmrR: contactes amb lligands o cofactors.

Figura 6 del grup L — **Figura 6.** PadR/LmrR: interfície o estat oligomèric.

Figura 7 del grup L — **Figura 7.** PadR/LmrR: detall de residus rellevants.

Figura 8 del grup L — **Figura 8.** PadR/LmrR: representació complementària del model.

Figura 9 del grup L — **Figura 9.** PadR/LmrR: vista global del plegament.

Referències

Mayer, C. et al. (2019). Directed Evolution of a Designer Enzyme Featuring an Unnatural Catalytic Amino Acid. Angewandte Chemie International Edition. doi: 10.1002/anie.201813499.